Tarikh tepat penubuhan pondok di Kelantan tidaklah diketahui, namun sistem ini telah muncul pada awal abad ke 19 Masehi. Ia bermula apabila Tuan Haji Abdul Samad Abdullah membina pondok pertama di Pulau Chondong yang terletak di Jalan Kuala Krai - Kota Bharu, walaupun ada pendapat lain yang mengatakan pengasasnya yang pertama bermula di zaman pemerintahan Long Jenal. Seterusnya pondok lain telah dibina oleh Haji Ismail di Machang. Sejarah telah membuktikan bahawa wujudnya pondok di negara ini dari Patani pada abad ke 17 yang diperkenalkan oleh seorang ulama Kedah. Dipercayai kerana pengaruh Tok Kenali, maka pada kurun ke 20 Kelantan mendahului negeri lain sebagai pusat pertama pengajian pondok, walau besar kemungkinan kemunculannya lebih awal di Terengganu.

Pengajian pondok di Kelantan dipelopori oleh ulama yang terkenal yang kembali dari Mekah dan amat disanjung oleh masyarakat Kelantan pada masa itu itu. Ulama-ulama Kelantan di Kota Bharu mulai pertengahan kedua abad ke 19 mengajar ilmu tasawuf, feqah, usuluddin dan cabang-cabang ilmu linguistik. Antara mereka yang terkenal itu ialah Haji Abdul Samad Muhd. Salleh (Tuan Tabal, 1840-1891), Haji Wan Ali Abdul Rahman Khutam dan Haji Yaakob Abdul Halim. Dengan tertubuhnya Pondok Kubang Pasu , Di Kota Bharu pada tahun 1850, Tuan Tabal telah membawa kepada perkembangan dan meluaskan lagi pendidikan pondok di Kelantan.

Pembukaan pondok itu telah membawa erti yang unggul sinaran ajaran tasawuf tersebar luas di Kelantan. Perkembangan pondok di Kelantan mulai pesat selepas tahun 1909 berikutan kepulangan sejumlah besar ulama negeri ini dari Patani dan Mekah. Ulama ini memainkan peranan penting memperkembangkan sistem pondok dengan membuka pondok di kawasan mereka. Nama-nama seperti Tok Selehor (Tuan Guru Syeikh Abdul Rahman), Tok Jelapang (Tuan Guru Haji Ahmad) dan Haji Wan Musa adalah ulama terkenal di Kelantan.

Pada pertengahan abad ke 19 Masehi. Pondok Tok Kenali merupakan pusat pengajian Islam yang terkenal di Asia Tenggara. Di peringkat awal pondok banyak didirikan di sekitar Kota Bharu. Di antaranya ialah Pondok Tok Bachok di Bachok pada tahun 1900 oleh Haji Othman Haji Muhammad. Pondok Kubang Pasu pada tahun 1900 oleh Haji Nik Abdullah Haji Wan Abdul Samad. Pondok Haji Malik Hassan pada tahun 1907 oleh Haji Abdul Malik Hassan di Kampung Sungai Pinang, Tumpat. Pondok Haji Yusuf di Pulau Ubi, Geting, Tumpat oleh Haji Ibrahim, Pondok Tuan Padang yang diasaskan oleh Haji Taib Tuan Padang, Pondok Kampung Banggol oleh Haji Wan Ismail dan Pondok Kampung Tok Semian oleh Haji Wan Abdul Samad Mohd. Salleh.

Fenomena pondok di Kelantan terus bersinar menjelang pertengahan abad ke 20 apabila beberapa buah pondok baru telah dibina. Dalam tahun 1913 Masehi Pondok Bunut Payong atau Madrasah Ahmadiah telah diasaskan oleh Tuan Guru Haji Abdullah Tahir. Kemudian diikuti pula oleh Pondok Lati, Pondok Lubuk Tapah, Pondok Kubang Benbam dan Pondok Paksu Wel. Perkembangan pondok berkembang dengan dinamik di zaman kegemilangan Tok Kenali dan selepasnya. Di tahun 1910 hingga 1945 Masehi ini bolehlah dikatakan zaman keemasan dalam perkembangan pondok di Kelantan.

Bermula zaman dari tahun 1945 masehi, perkembangan pondok mulai merosot dalam riwayat pondok di Kelantan. Sebab utama kemerosotannya ialah berpunca dari perubahan-perubahan dalam perkembangan pelajaran di Kelantan. Pada masa itu mulai muncul sekolah-sekolah rakyat yang menggunakan bahasa Arab sebagai bahasa pengantar, ditambah pula sekolah-sekolah Melayu dan agama kerajaan lebih baik dan terjamin berbanding sistem pondok.

Dalam tahun-tahun 40an dan 50an telah muncul beberapa buah pondok yang hingga kini masih kekal, setelah kedapatan pondok-pondok terdahulu telah berkurangan sambutannya dan tidak diminati lagi. Akhirnya ada pondok yang terpaksa ditutup atau diambil alih oleh kerajaan untuk dijadikan sekolah Arab atau sekolah agama kerajaan.

Selepas tahun 1945, pondok-pondok tetap didirikan di negeri Kelantan, walau pun mendapat persaingan sengit dengan sekolah-sekolah kerajaan dan sekolah Arab. Pondok-pondok itu ialah Pondok Haji Muhd. Noor di Kampung But, Jalan Kuala Krai, Kota Bharu yang diasaskan oleh Haji Muhd. Noor pada tahun 1946. Pada tahun 1950 Pondok Darul Ulum al-Ahmadiah telah ditubuhkan di Kampung Kolam, Bachok oleh Haji Muhammad Abdullah. Pada tahun 1958 pula, Pondok Sungai Durian telah ditubuhkan di Kampung Sungai Durian, Kuala Krai oleh Haji Abdul Rahman Sulaiman. Pada tahun 1971, jumlah pondok di Kelantan berjumlah 100 buah mengandungi 2,000 orang murid.

Dalam meniti arus pemodenan dan cabaran zaman, untuk menjamin sistem ini agar terus unggul dan berfungsi, maka pada 22 April 1995 usaha guru-guru pondok di Kelantan telah menubuhkan sebuah badan khas untuk menangani masalah itu yang dikenali Pusat Pembangunan Pondok Berhad (PPPB). Tujuan utamanya ialah untuk meninggikan syiar dan kefahaman Islam di kalangan ummah dan merangkumi sistem tarbiah dan sosial. Usaha ini menampakkan fikiran dan alternatif ke arah menangani masalah sekolah pondok untuk masa hadapan demi menyahut cabaran pendidikan Islam di Malaysia amnya dan di Kelantan khasnya.